Năm 1471, vua Lê Thánh Tôn thân chinh mở đất về phương Nam, lấy núi Đá Bia (Thạch Bi Sơn) phân định ranh giới Việt - Chiêm.
Trên thực tế, vua Lê Thánh Tôn chỉ đặt phủ huyện và bộ máy quản lý ở phía bắc đèo Cù Mông. Từ Cù Mông đến Đá Bia là vùng đấtki-mi (ràng buộc lỏng lẻo), được nhà vua đặt một tiểu quốc vùng phên dậu gọi là Hoa Anh quốc do cư dân bản địa tự cai quản.
Năm Mậu Dần (1578), chúa Nguyễn Hoàng cử Phù nghĩa hầu Lương Văn Chánh làm trấn biên quan, chiêu mộ lưu dân (người nghèo không sản nghiệp) khai hoang lập ấp từ chân đèo Cù Mông đến châu thổ sông Đà Rằng.
Sau 33 năm khai khẩn vùng đất mới, hình thành làng mạc, vùng đất từ đèo Cù Mông đến Đá Bia đủ điều kiện hình thành một đơn vị hành chính mới. Năm 1611, chúa Nguyễn Hoàng thành lập phủ Phú Yên (trực thuộc thừa tuyên Quảng Nam, đơn vị hành chính cấp tỉnh; cả nước lúc ấy có 13 thừa tuyên) gồm hai huyện Đồng Xuân (từ đèo Cù Mông đến phía bắc sông Đà Rằng) và Tuy Hòa (từ phía nam sông Đà Rằng đến núi Đá Bia).
Năm 1629, chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên nâng cấp phủ Phú Yên thành dinh Trấn Biên (đơn vị hành chính cấp tỉnh). Thời điểm ấy, cả xứ Đàng Trong thuộc quyền quản lý của chúa Nguyễn từ Hoành Sơn (đèo Ngang) đến Thạch Bi Sơn (núi Đá Bia) có 7 dinh. Năm 1899 (năm Thành Thái 11), huyện Tuy Hòa được nâng lên thành phủ Tuy Hòa gồm tổng Hòa Bình (phía bắc sông Đà Rằng, được tách ra từ huyện Đồng Xuân) và các tổng phía nam sông Đà Rằng là Hòa Đa, Hòa Mỹ, Hòa Lạc.
Năm 1900, 12 làng của tổng Sơn Tường thuộc huyện Sơn Hòa được sáp nhập vào phủ Tuy Hòa có tên là tổng Hòa Tường. Năm 1908, phủ Tuy Hòa lập thêm hai tổng mới phía nam sông Đà Rằng là tổng Hòa Đồng và tổng Hòa Lạc.
Phủ lỵ Tuy Hòa lúc đầu đóng ở làng Phú Thứ (nay là thị trấn Phú Thứ, huyện Tây Hòa). Năm 1841, phủ lỵ Tuy Hòa dời đến làng Đông Phước (ngày nay thuộc xã Hòa An, huyện Phú Hòa).
Năm 1951, phủ lỵ Tuy Hòa chuyển về làng Năng Tịnh (ngày nay là các phường 1, 2, 3, TP Tuy Hòa). Chỉ một thời gian ngắn, phủ lỵ Tuy Hòa được mở rộng ra các làng Bình An, An Tịnh, Bình Mỹ, Phú Câu, Ngọc Lãng.
Phủ lỵ Tuy Hòa được gọi là Dinh. Con sông cũ chạy trong lòng phủ lỵ (nay đã bị bồi lấp hoàn toàn) gọi là sông Dinh, chợ ở phủ lỵ Tuy Hòa gọi là chợ Dinh.
Trước Cách mạng Tháng Tám, phủ lỵ Tuy Hòa là trung tâm chính trị, kinh tế, văn hóa phía nam tỉnh. Ngoài bộ máy cai trị của Nam triều (triều đình Huế), thực dân Pháp có đồn cảnh sát quản lý trật tự đô thị. Thực dân Pháp còn xây dựng nhà máy đèn (nhà máy điện), băng-ga-lô, xưởng rượu và một số công trình khác.
Cách mạng Tháng Tám thành công. Cuối năm 1945, chính quyền cách mạng Phú Yên chuyển tỉnh lỵ từ Sông Cầu vào Tuy Hòa. Trong kháng chiến chống Pháp, có lúc TX Tuy Hòa được đặt tên là xã Hòa An trực thuộc huyện Tuy Hòa.
Sau Hiệp định Giơ-ne-vơ, chính quyền Sài Gòn tiếp tục chọn TX Tuy Hòa là tỉnh lỵ với tên gọi là xã Châu Thành gồm các ấp Bình Nhạn (nay là phường 1), Bình Tịnh (nay là phường 2, phường 8), Bình An (nay là phường 3), Bình Mỹ (nay là phường 4), Bình Hòa (nay là phường 5, phường 7), Bình Lợi (nay là phường 6).
Trước giải phóng, TX Tuy Hòa (xã Châu Thành) chỉ có 6 con đường trục dọc là Tản Đà, Trần Hưng Đạo, Lê Thánh Tôn, Lê Lợi, Lý Thường Kiệt (có tên trong quy hoạch, chưa hình thành trên thực tế), Nguyễn Huệ. Người dân quen gọi đường Nguyễn Huệ là đường số 6. Chế độ cũ xây dựng 3 khu công chức ở đường Nguyễn Huệ (phía đông đường Phan Đình Phùng), khu vực Trường Nguyễn Huệ (các đường Lê Quý Đôn, Trần Cao Vân, Hoàng Diệu…) và nhà 18 gian ở quốc lộ 1 (nay là phường 2, đoạn phía nam Trường Thánh Giu-Se). TX Tuy Hòa chỉ có nhà máy đèn, không có hệ thống cấp thoát nước.
Về phía chính quyền cách mạng, cuối năm 1956, Tỉnh ủy Phú Yên thành lập huyện Tuy Hòa 2 (tương ứng với huyện Phú Hòa và TP Tuy Hòa ngày nay).
Tháng 3/1965, Tỉnh ủy thành lập C6 - đơn vị tiền thân của Thị ủy Tuy Hòa. Ngày 6/8/1965, Tỉnh ủy thành lập Thị ủy Tuy Hòa chỉ đạo 6 phường nội thị và các xã Bình Phú A, Bình Phú B, Bình Phú C (nay là phường 9 và xã Bình Kiến).
Sau ngày giải phóng, chính quyền cách mạng chọn TX Tuy Hòa là tỉnh lỵ gồm các phường 1, 2, 3, 4, 5, 6 và hai xã Bình Phú, Bình Ngọc.
Ngày 3/11/1975, Phú Yên sáp nhập với Khánh Hòa thành tỉnh Phú Khánh. Ngày 10/3/1977, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 49CP hợp nhất huyện Tuy Hòa và TX Tuy Hòa thành huyện Tuy Hòa. Xã Bình Phú sáp nhập với xã Hòa Kiến thành xã Bình Kiến. Ngày 22/9/1978, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 241/CP tách huyện Tuy Hòa thành hai huyện Tuy Hòa và TX Tuy Hòa. TX Tuy Hòa gồm 6 phường nội thị và hai xã Bình Kiến, Bình Ngọc.
Ngày 5/9/1981, Hội đồng Bộ trưởng (Chính phủ) ban hành Quyết định 487/HĐBT sáp nhập các xã phía bắc sông Đà Rằng thuộc huyện Tuy Hòa (Hòa Trị, Hòa An, Hòa Thắng, Hòa Định, Hòa Quang, Hòa Hội) trực thuộc TX Tuy Hòa.
Sau ngày tái lập tỉnh (1/7/1989), TX Tuy Hòa là thủ phủ tỉnh lỵ Phú Yên. Ngày 30/9/1991, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 100/HĐBT chia xã Bình Kiến thành hai xã Bình Kiến và Hòa Kiến.
Ngày 28/4/1999, Chính phủ ban hành Nghị định 31/1999/NĐ-CP chia phường 2, TX Tuy Hòa thành phường 2 và phường 8, chia phường 5 thành phường 5 và phường 7.
Ngày 31/1/2002, Chính phủ ban hành Nghị định 15/2002/NĐ-CP chia TX Tuy Hòa thành hai đơn vị hành chính là TX Tuy Hòa và huyện Phú Hòa. TX Tuy Hòa có 8 phường và 3 xã Bình Ngọc, Bình Kiến và Hòa Kiến.
Ngày 20/8/2003, Chính phủ ban hành Nghị định 95/2003/CP thành lập phường 9, TX Tuy Hòa (tách ra từ xã Bình Kiến).
Ngày 5/1/2005, Chính phủ ban hành Nghị định 03/2005/NĐ-CP thành lập TP Tuy Hòa, sáp nhập thị trấn Phú Lâm (thuộc huyện Tuy Hòa) và xã An Phú (thuộc huyện Tuy An) vào TP Tuy Hòa. Sau đó, Chính phủ có Nghị định 175/NĐ-CP ngày 3/12/2007 chia thị trấn Phú Lâm thành 3 phường Phú Lâm, Phú Thạnh, Phú Đông.
Hiện nay, TP Tuy Hòa là đô thị loại 2 có 12 phường (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, Phú Lâm, Phú Thạnh, Phú Đông) và 4 xã (Bình Kiến, Hòa Kiến, Bình Ngọc, An Phú).
PHAN THANH
